헌법소원 청구인 측은 공수처법상 공수처는 입법·사법·행정부 등 어디에 소속된다는 점이 뚜렷하지 않아 삼권분립 원칙에 어긋난다고 주장해 왔다.
헌재는 그러나 공수처법이 공수처의 소속에 대해 언급하지 않고 있는 점은 인정되지만 공수처가 수행하는 수사·기소 업무는 헌법상 본질적으로 행정부의 사무에 해당하고, 실제로도 "대통령의 실질적 인사권이 인정되고 공수처장이 국무회의에 출석하는 등 공수처는 대통령을 수반으로 하는 행정부에 소속되는 중앙행정기관으로 보는 것이 타당하다"고 규정했다.
행정부 소속 기관이라는 점이 법률에 명시되지 않은 점에 대해서도 재판부는 "중앙행정기관을 반드시 행정 각 부의 형태 및 소속 기관으로 두어야 함이 헌법상 강제되는 것은 아니"며 "행정 각부에 속하지 않는 독립된 형태의 행정기관을 설치하는 것이 헌법상 금지된다고 할 수 없다"고 판시했다.
때문에 공수처의 소속을 명확히 법률에 규정하지 않았다는 이유로 이 법이 헌법상의 권력분립 원칙을 위반했다고 볼 수는 없다는 게 결정의 요지다. 오히려 재판부는 "고위공직자 범죄를 척결하고 국가 투명성과 공직사회 신뢰성을 높이는 한편 검찰의 기소독점주의·기소편의주의에 대한 제도적 견제 장치를 마련하는" 등 "공수처 업무의 특수성에 기인"해 보면 "(공수처를) 기존 행정조직 위계질서 하에 편입시킨다면 정치적 중립성과 직무의 독립성이 훼손될 우려가 있다"고 지적했다.
또한 청구인 측이 '수사·기소는 헌법상 검사만이 행할 수 있는 직무'라고 주장하며 공수처가 이 조항을 위반해 국민 기본권 및 검찰의 사법행정권을 침해했다고 주장하는 데 대해, 헌재는 "공수처 수사 등에 적용되는 절차 및 내용은 일반 형사소송절차와 같아 수사 대상자에게 실질적 불이익이 발생한다거나 수사대상자의 법적 지위가 불안정해질 것이라고 볼 수 없다"고 결정했다.
재판부는 "헌법에 규정된 영장 신청권자로서의 '검사'는 검찰청법상의 검사만을 지칭하는 것으로 보기 어렵다"며 "실제로 군검사와 특별검사도 검찰청법상 검사에 해당하지 않음에도 영장 신청권을 행사하고 있다"고 지적했다.
그밖에 청구인 측이 공수처 수사 대상이나 업무범위, 공수처 성원의 자격을 명시한 법률 조항에 대해 위헌이라고 주장한 데 대해서는 "(해당 조항들은) 기본권 침해 가능성이 인정되지 않는다"며 각하 처분했다.
